Silva, Breno de MelloGonçalves, Ricardo LemesLeite, Túlio César Rodrigues2022-09-082022-09-082021LEITE, Túlio César Rodrigues. Seleção de epítopos lineares, únicos e não glicosilados do vírus SARS-CoV-2: uma abordagem in silico. 2021. 68 f. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) – Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas, Universidade Federal de Ouro Preto, Ouro Preto, 2021.http://www.repositorio.ufop.br/jspui/handle/123456789/15199Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia. Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas, Pró-Reitoria de Pesquisa de Pós Graduação, Universidade Federal de Ouro Preto.A acurácia dos testes diagnósticos empregados no curso da pandemia causada pelo SARS-CoV- 2 é crucial no controle e monitoramento de indivíduos infectados. Os testes que empregam epítopos podem apresentar reatividade cruzada com outros coronavírus circulantes em humanos prejudicando a especificidade. Além disso, muitos deles exigem plataformas de produção onerosas na obtenção dos mesmos. Dessa forma, o objetivo do presente trabalho foi triar epítopos para células B in silico específicos, não-glicosilados e lineares do SARS-CoV-2 de proteínas estruturais e acessórias. Para tanto, foram considerados todos os coronavírus circulantes em humanos SARS-CoV-2, SARS, MERS, OC43, NL63, HKU1, 229E. As proteínas estruturais spike (S), membrana (M), envelope (E) e nucleocapsídeo (N) bem como as acessórias ORF3d, ORF7a e ORF8 foram analisadas. Os servidores IMED e BepiPred 2.0 foram empregados na predição dos epítopos para células B. A previsão de glicosilações dos tipos N e O foi feita nos servidores NetNGlyc 1.0 e NetOGlyc 4.0. A propensão à membrana foi analisada no servidor TMHMM 2.0. Foram excluídos os epítopos menores que seis aminoácidos, com alguma glicosilação predita e que estavam propensos à inserção na membrana interna. A análise de conservância foi feita no IEDB mantendo somente aqueles que apresentaram uma conservância menor que 50%. Todos os epítopos foram confrontados com as variantes de interesse e preocupação em circulação para verificar possíveis mutações presentes nos mesmos. O Discovery Studio e o Pymol foram utilizados na análise estrutural dos epítopos e cálculo de exposição ao solvente. Os resultados mostraram que 855 epítopos foram para células B para as proteínas estruturais S, M, E e N. Aproximadamente 70% (593) dos epítopos preditos correspondem à proteína spike dos coronavírus. Por outro lado, um total de 22 epítopos foram preditos para as proteínas acessórias. As análises de glicosilações dos tipos N e O mostraram que a maioria das glicosilações preditas foi do tipo N e em maior quantidade na proteína spike. A única glicosilação observada para proteínas acessórias foi a glicosilação do tipo N na posição 78 da proteína ORF8. Não foram observadas predições do tipo O para as proteínas acessórias. Após essa etapa, restaram um total de 585 epítopos de proteínas estruturais e 20 de proteínas acessórias. Feita a predição de região transmembrana das proteínas, foram excluídos 1 ou 2 epítopos das proteínas M e E e, no máximo, 3 epítopos para a proteína S de todos os coronavírus. Uma única exclusão na proteína acessória ORF7a após esta etapa. A análise de conservância mostrou que somente cinco epítopos da proteína S do SARS-CoV-2 mostraram similaridade abaixo de 50%. Cinco epítopos da proteína estrutural S e 17 das proteínas acessórias foram mantidos após a etapa final de exclusão de número mínimo de 6 aminoácidos. A área acessível ao solvente variou de 36,74% a 76,32% dos epítopos da proteína S e de 28,8% a 62,5% dos epítopos das proteínas acessórias. As variantes que apresentaram maior número de mutações nos epítopos triados da proteína spike foram a beta, lambda e omicron. Já para os epítopos de proteínas acessórias as variantes alfa, mu, delta, kappa e iota apresentam mutações nos epítopos triados. Todas as mutações apresentadas podem facilmente ser adaptadas em desenhos de clonagem molecular. Portanto, a triagem de epítopos únicos, não glicosilados e lineares de SARS-CoV-2 para células B, in silico, resultou em 5 epítopos para a proteína estrutural S e 17 epítopos para as proteínas acessórias ORF3d (3), ORF7a (7) e ORF8(7). Os epítopos possuem potencial de aplicação em quimeras que cobrem todas as variantes em circulação. Os epítopos triados possuem potencial de aplicação biotecnológica no desenvolvimento de testes específicos e baratos.pt-BRabertoEpítopos linearesImunoinformáticaSars-cov-2Testes diagnósticosDissertacaoAutorização concedida ao Repositório Institucional da UFOP pelo(a) autor(a) em 31/08/2022 com as seguintes condições: disponível sob Licença Creative Commons 4.0 que permite copiar, distribuir e transmitir o trabalho, desde que sejam citados o autor e o licenciante. Não permite o uso para fins comerciais nem a adaptação.